产品货号:
WH0207
中文名称:
DNA片段化试剂
英文名称:
BalbSeq DNA Fragmentation Module
产品规格:
24次|96次
发货周期:
1~3天
产品价格:
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BalbSeq DNA片段化模块为高通量测序平台文库构建配套试剂盒,用于文库构建前的大片段DNA片段化。模块利用时间依赖型酶促反应的原理,根据不同的作用时间将双链DNA随机切割成200~500bp的片段,所得片段为平末端双链DNA片段,5'端基团含有5'-P,3'端基团含有3'-OH,可直接进行后续的dA或adapter添加。通过BalbSeq DNA片段化模块对双链DNA随机的切割,表明本产品不具碱基偏好性,且不同类型切割DNA片段的测序覆盖率与机械切割一致。
适用范围:为构建NGS文库制备片段化的双链DNA。
适用样本量:1ng~1μg DNA
- 无需特殊仪器设备,通过酶促反应简便快速的片段化双链DNA。
- 使用灵活,通过调整片段化时间,灵活调整DNA片段化长度。
- 反应高效,单个反应体系即可完成1ng~1μg DNA样本的片段化。
组分 | 24次 | 96次 |
5×Frag Enzyme Mix | 240μL | 960μL |
10×Frag Buffer | 120μL | 480μL |
Nuclease-Free ddH2O | 1mL | 4×1mL |
保存条件:-25~-15℃保存,避免反复冻融,保质期为一年。
- 操作过程请注意避免核酸样品和产物之间的交叉污染。
- 请使用不含RNA酶或DNA酶的枪头、EP管进行试验。
- 试验开始前,请清洁操作台,确保没有RNA酶和DNA的污染。
- 进行文库扩增前,请确保PCR仪已经调试好并处于稳定的状态。
- 试验前请仔细阅读说明书,如果需要暂停试验,或者无需立即进行下游试验。可根据说明书推荐将试验产物保存于-20℃并安排后续试验。
一、试验准备
- 在开始实验前,明确核酸的浓度及纯度至关重要,推荐DNA上样量为1ng~1μg。DNA需溶解于以下溶液中:去离子水、10mM Tris、Buffer EB或LoTE(0.1×TE)等。
注意:- 确定上样DNA浓度至关重要,尤其在上样量低于100ng时。推荐使用Qubit、Picogreen或者其他染料法对DNA浓度进行准确定量。
- 请确认DNA溶液中不含阳离子及螯合剂。如果DNA溶解于1×TE或不确定DNA溶液中的EDTA浓度,使用Agencourt AMPure XP磁珠进行纯化。
- 确定上样DNA浓度至关重要,尤其在上样量低于100ng时。推荐使用Qubit、Picogreen或者其他染料法对DNA浓度进行准确定量。
- 将各试剂置于冰上,5×Frag Enzyme Mix融化后用手指后轻弹混匀,不要涡旋。其余试剂可短暂涡旋混匀。
二、试验步骤
- 照下表设置PCR仪反应程序。开启热盖,热盖温度设置为70℃。
操作步骤 温度 时间 1 4℃ 1min 2 32℃ 3~22min* 3 65℃ 30min 4 4℃ 保持
注*:确切的片段化反应时间需要根据DNA的实际上样量进行优化。下表1中列出100ng DNA片段化所需的时间。用户可以依据此时间进行调整。调整过程中,我们推荐额外设置一个反应时间延长3min以及一个缩短3min的对照,这样有助于确定切割至所需片段大小时所需要的准确反应时间。
表1:片段化时间选择表片段化时间(min)(32℃) DNA主峰大小 200bp 300bp 400bp 500bp 100ngDNA上样量 15 8 5 3.5
图1.100ng大肠杆菌基因组DNA片段化图谱(3~22min) - 在薄壁管中按下表配制反应体系,冰上操作,各组分加入后,请轻柔吸打混匀,注意不要涡旋。
成分 用量(μl) 10×Frag Buffer 5 DNA样本 X Nuclease-Free ddH2O (35-X)* 总体积 40
注*:对于多个反应,请计算所需试剂的总体系并在此基础上增加体系10%,以避免因溶液转移过程中挂壁损失而造成分装反应数不足的问题。 - 向薄壁管中加入10μL 5×Frag Enzyme Mix,轻柔吹打6~8次,不要涡旋。
注:此过程需一直处于冰浴中进行。 - 将薄壁管短暂离心,收集溶液至管底后,立即转移至4℃预冷的PCR仪中,启动步骤1中的反应程序。
- 当反应程序结束,PCR仪温度降至4℃后,将薄壁管从PCR仪中取出并置冰上。立即进行下一步实验操作。
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